МӘМС жүйесінің негізгі принциптері:
әлеуметтік бағдар – мемлекет 15 жеңілдік санатындағы 11 миллион азаматқа жарна төлейді;
ортақ жауапкершілік-халықтың денсаулығы үшін мемлекет, жұмыс берушілер және азаматтар жауапты;
медициналық көмекке тең қолжетімділік-әрбір сақтандырылған тұлға төленетін жарналардың мөлшеріне қарамастан, медициналық көмектің қажетті көлеміне құқығы бар;
ақша пациенттің артынан жүреді — пациент медициналық қызметті алу үшін өз қалауы бойынша медициналық ұйымды таңдай алады, егер ол ұйым Қордың өнім берушісі болса ғана;
пациенттің құқықтарын қорғау-Қор медициналық ұйымдарға көрсетілген медициналық көмектің сапасы мен көлеміне мониторинг жүргізілгеннен кейін ғана медициналық қызметтер үшін ақы төлейді.